Η ιστορία προέλευσης αυτού του πιάτου και η θέση του στην ρωμαϊκή κουζίνα  είναι ασαφής. Η προέλευση της καρμπονάρας είναι πολυσυζητημένη, αλλά κανείς δεν ξέρει την πραγματικότητα. Υπάρχουν διάφορες άλλες  θεωρίες, αλλά ολες ειναι ανεπισημες.

Πρώτον, θεωρείται πως είναι ένα τυπικό ρωμαϊκό πιάτο, του οποίου το όνομα λέγεται ότι προέρχεται από ένα πιάτο στα Απέννινα όρη του Abruzzo από υλοτόμους που παρήγαγαν ξυλοκάρβουνο. Μαγείρευαν  πάνω από μια φωτιά από τα ξυλοκάρβουνα που παρήγαγαν και χρησιμοποιούσαν πέννες και όχι μακαρόνια(spagetti), επειδή είναι ευκολότερο να τα χτυπήσουν μαζί με τα αυγά και το τυρί.
Δεύτερον, η ονομασία «αλα καρμπονάρα» , το στυλ των εργατών άνθρακα(κάρβουνου),δηλώνει φανερά ότι το πιάτο ήταν ένα πιάτο που καταναλωνόταν από τους εργαζόμενους άνθρακα ή ότι χρησιμοποιούταν άφθονο χοντροκομμένο μαύρο πιπέρι που μοιάζει με κομμάτια  άνθρακα(κάρβουνου).

Μια άλλη ιστορία αναφέρεται στις ελλείψεις τροφίμων μετά την απελευθέρωση της Ρώμης το 1944, οι οποίες ήταν τόσο σοβαρές που τα συμμαχικά στρατεύματα έδιναν συσσίτια που αποτελούνταν από σκόνη αυγού και μπέικον όπου οι ντόπιοι χρησιμοποιούσαν με νερό για να την εύκολη αποθήκευση ξηρών ζυμαρικών.

Υπάρχει επίσης μια θεωρία ότι στην επαρχία της Ciociaria, στην περιοχή του Λάτσιο περίπου στα μισά του δρόμου μεταξύ Ρώμης και Benevento, τα ζυμαρικά ήταν ωριμασμένα σε το ναπολιτάνικο στυλ με αυγά, μπέικον και τυρί πεκορίνο. Κατά τη διάρκεια της γερμανικής κατοχής της Ρώμης κατά τη διάρκεια του Β ‘Παγκοσμίου Πολέμου, πολλές οικογένειες της μεσαίας τάξης διασκορπίστηκαν από τη Ρώμη σε αυτήν την περιοχή για να ξεφύγουν από την καταθλιπτικότητα της κατοχής και έτσι έμαθαν για αυτό το πιάτο. Μετά τον πόλεμο, η ρωμαϊκή κουζίνα έγινε πολύ δημοφιλής σε όλη την Ιταλία όπως και αυτό το πιάτο, τώρα μετατράπηκε σε καρμπονάρα, έγινε ένα χαρακτηριστικό παράδειγμα.

Μια άλλη ιστορία δείχνει ότι το διάσημο εστιατόριο στο Campo d’Fiori της Ρώμης, το La Carbonara, ονομάστηκε μετά από την ειδικότητά του. Παρά το γεγονός ότι το εστιατόριο λειτουργεί από τις αρχές του εικοστού αιώνα, και στην πραγματικότητα έχει καρμπονάρα στο μενού του, το ίδιο το εστιατόριο αρνείται οποιαδήποτε τέτοια σύνδεση , ενώ αναφέρει πως το όνομα δόθηκε για κάποιους άλλους λόγους.

Μια εξαιρετικά απίθανη ιστορία η οποία ειπώθηκε στο Nuovo cucchiaio d’Argento (μεταφράστηκε πρόσφατα στα Αγγλικά ως The Silver Spoon) είναι ότι το πιάτο έγινε αρχικά με μαύρο μελάνι καλαμαριού και, ως εκ τούτου απέκτησε το όνομά του, που ήταν ‘’μαύρος σαν κάρβουνο’’.
Η απλούστερη ιστορία, και ως εκ τούτου, η πιο πιθανή, είναι ότι το πιάτο πάντα υπήρχε σε επίπεδο οικογένειας και στην τοπική Osterie πριν την παραδοσιακή κουζίνα της Ρώμης όπου και πήρε τη φήμη του.